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カラムの材質はSUSとPEEKどちらが良いのでしょうか？
イオンクロマトで使用される液体のほとんどが水溶液なので，取り付けたり外したりする頻度が高いカラムには取り扱いが楽なPEEK 樹脂製がおすすめです。
ちなみに、PEEK樹脂は金属に吸着する化合物(ATP,ADP等)に対し不活性なので、成分の不溶出、測定ピークのテーリング等の不具合を改善してくれます。
もしあなたがコスト重視なら、ステンレス（SUS）製カラムがいいでしょう。
「イオンを分析する」ので配管に金属を使うことを敬遠される方もいますが、カラムに使用するステンレスは耐食性に優れたものなので，イオンクロマトに使用しても問題はありません。